С 1947 году в городе Фрунзе была создана команда мастеров под названием «Зенит». В 1950-е годы команда называлась «Трудовые Резервы», «Искра», «Спартак», и выступала в классе «Б» союзного первенства (третий по уровню дивизион). В 1961 году команду переименовали в «Алга» (Фрунзе). Через год фрунзенцы финишировали вторыми и получили право участвовать в Классе А. Наибольшего успеха «Алга» достигла в 1967 году. Остроатакующий футбол команды позволил ей занять 3 место в первой лиге СССР. Несколько очков не хватило команде, чтобы выйти в высший эшелон советского футбола. Многие игроки того поколения были приглашены в команды высшей союзной лиги и покинули «Алгу».
В 1974 году Алга-Фрунзе стала чемпионом второй лиги 1-зона СССР, опередив такие команды как Рубин (Казань), Металлист (Харьков)
| 1974 | 2 лига, 1 зона | 1 из 16 | 30 | 16 | 10 | 4 | 46-18 | 42 |
| — | 1/2 финала (Фрунзе) | 1 из 6 | 5 | 4 | 1 | 0 | 14-3 | 9 |
| — | Финал (Сочи) | 1 из 6 | 5 | 2 | 3 | 0 | 3-1 | 7 |
|
Игр | В | Н | П | ГЗ | ГП | ГР | О | |
| Чемпионат СССР 1963 D2 | 34 | 8 | 12 | 14 | 28 | -40 | -12 | 28 |
В целом «Алга» провела в первой лиге СССР 13 сезонов. В 1979 году покинула её окончательно. Все последующие годы команда неоднократно делала попытки и даже несколько раз была близка к возвращению в первую лигу, но для этого не хватало очков.
С 1991 года команда, время от времени меняя название, начала выступать в высшем дивизионе чемпионата Кыргызстана.
После сезона 2005 года клуб прекратил существование. В 2007 году была предпринята попытка возродить команду под названием «Авиатор-ААЛ», но, доиграв до половины чемпионата, команда была расформирована владельцами.
В начале 2010 года команда под старым названием «Алга» была возрождена и заявлена в высший дивизион чемпионата Кыргызстана.
